【明慧网2001年12月20日】磁盘经过“添加”和“删除”文件的系列操作后，就会使磁盘存储文件的空间变得不连续，因为在磁盘上“删除”的文件会使磁盘文件分配表Fat中标记此区域为空白，为节省磁盘空间，后“添加”的文件会利用被标记为空白的区域，如果大于此被标记为空白空间的区域，就会继续利用下一个空白空间，直到被存储完毕，因为是利用了一系列的空白空间，因此文件的存储位置变得不连续。“整理磁盘碎片”功能的原理是使散落在磁盘上的文件数据重新按顺序排列组合，使文件的存储变得完整而连续，从而加快文件的读取和访问速度，加快应用程序的运行速度。
根据以上原理，运行“整理磁盘碎片”程序后，简单删除文件而留下来的空白空间，会被磁盘上文件数据的重新按顺序排列组合而占用，从而覆盖掉原来的数据，因此而不可恢复。但是一旦此文件数据存储于磁盘的结尾，被删除后经过“整理磁盘碎片”，就不一定有文件会覆盖此空白区域了。没有被覆盖或重写的数据就一定会有办法被恢复。因此这种方法变得不保险，最好利用擦除工具，例如Clean Disk Security的“擦除”功能进行彻底重写，或者简单删除后运行Clean Disk Security的“整理磁盘剩余空间”功能进行重写，安全级别定为“35 passes”。
同样原理，我们用过的软盘经过简单的文件删除后，运行“整理磁盘碎片”程序后应该同样可以被恢复，虽然速度较快，但是为了安全也是不可取的。由于在软盘上运行Clean Disk Security的“擦除”功能较慢，擦除1424KB大小文件的时间，仅“2 passes”就需要120秒，而拷贝覆盖一个1424KB大小文件的时间仅需要60秒，因此我们可以准备一个与软盘容量同样为1424KB的文件，在删除敏感文件后把此文件拷贝到软盘进行数据覆盖，为了更加安全，在删除敏感文件前可以先对此敏感文件的敏感文件名进行改名。
对于制作大小为1424KB文件的方法，可以用文件分割工具对一个大于1424KB的无关文件进行按1.44M软盘容量大小进行分割。保留其中的一个1424KB大小的文件即可。
此类软件有：超级文件分割器(SuperFileSplit.exe)V1.00，48 KB；金锋文件分割与合并，版本：1.0.0，1677 KB。
另外此类软件对于在网吧下载大于1424KB的文件，可以进行分割后分别存盘，回到家里再合并成一个文件。
