他一家五口人，都是大法弟子，深得大法恩泽。正当他的家庭蒸蒸日上时，江泽民集团开始了对法轮功及学员的迫害。为了伸张正义，向世人讲清真相，他们曾上北京想向中央政府说句公道话，也曾参加集体炼功以实际行动证实大法，其结果是：南初寅三次被关押，并强迫劳教一年；小女儿被劳教一年半；大儿子被西南石油学院开除，并被浠水公安局无理关押几个月；大女儿三次被抓被关；老伴也因在外炼功被抓。好端端的一个家在这场政治迫害中支离破碎。

《民法》第98条指出：“公民享有生命健康权。”而南初寅为了锻炼身体在99年7月23日、99年12月25日在浠水广场炼功时两次被抓，同时遭到警察的毒打。警察夏寿松用电筒猛击他的头部，并伙同警察杨俭、李勋华、甘世涛等人将南初寅打倒在地，用皮鞋踩住颈部，在头上、身上乱踢，血流满面。在浠水第一看守所关押期间，为了整他，警察把他换到他们称为“狠号子”中并暗示犯人折磨他。在18号监室时，他被犯人猛击腹部后，脸色突变，倒地半天不省人事，从此后大便开始带血，有时吐血，腹部以下越肿越大。而看守所的人却装没看见。南初寅地告诉同修：他在号子里几乎天天挨打，折磨不断。关押了6个月左右，他被非法判劳教一年，2000年5月被送到黄石劳教所。黄石劳教所看到他的身体状况恶劣，年龄又大，不敢收他，就退回了看守所。但过了一个月，县公安局不顾他身体状况又强行将他解入黄石劳教所五大队。大队干部看到他浮肿的身体没有安排他干重活，过了二个月左右，于9月24日他与其他法轮功学员一起被送到沙洋劳教所，实行强制转化。这个过程中他一直便血，腹部以下到脚是肿的，一直拖到劳教期满释放回家。在家中一直吐血、便血不止。他是医生，知道自己的身体状况，他告诉家人他的肝脏被打破了，已无法医治。就在这种情况下，公安局及清泉镇有关部门一次次逼迫他写保证书，不准他炼功，不准他修炼，不断施压，搞得他家过不得安宁日子。加上层层的精神压力及生活的重担，终于拖垮了他。南初寅于2001年2月一天夜里大量吐血后离开人世。

在为南初寅遗体送葬的那一天，几十名他生前的功友为他去送行却遭到公安人员的无理抓捕和非法搜查，还要抓走参加葬礼的学员。