他到天安门广场炼功，遭到恶警狠命的毒打，并被抓送回东莞市，关押在某镇的看守所里。他在看守所里受到如何迫害具体情况无法了解到。

东莞市那些打压法轮功的领导，认为他是东莞市当时唯一的一名公务员上访，丢了东莞市政府的脸，关着他就是不放。在看守所关了三到四个月，就于2000年3月送他去了三水劳教所劳教。然而到那的第三天，他绝食抵制迫害，但几天后就被迫害致死，其家属接到通知赶到时，已经见不到活的赖志军。据说劳教所对其家人说是病死，给了家属400元人民币了事，并告知其家属不得对外讲。

据曾在三水劳教所被非法关押的广东大法弟子透露：赖志军到入所队后仍然坚持炼功，就被干警毒打、用电棍电击，他绝食抗议。当时为了要求炼功、绝食抗议的还有贾国栋、陈建国和徐永生，他们同样受到不同程度的毒打和电击，后来他们几个调到其他大队了，留下赖志军在入所队。赖志军坚持炼功，不断受到劳教所的恶警毒打、电击，过不了几天就被折磨死了。当时在入所队见证这一过程的有一个干警叫陈瑞洪，他也可能参与迫害过赖志军，后来调到了集中迫害法轮功学员的中队。三水劳教所所长马某的秘书就亲口承认赖志军的死是他们造成的。

赖志军被迫害致死的时间大约是在2000年的3月至4月间。我们曾多次打电话到其家中，可是都没有人答应。由于当时情况险恶，我们都没法了解更多的情况，当地大法弟子中我们也就认识他一个。不久我们也被绑架进了劳教所。希望还有了解他被抓之后到被迫害致死的这段经历的知情人，把真相公诸于世。